بود . پس به‌سوى مكهء معظمه سفر كرد و در آنجاى اقدس پنج سال مجاورت نمود . در آن‌وقت ميرزا محمد استرآبادى در مكهء معظمه بود و ميان شيخ محمد و ميرزاى مذكور ، اختصاص زايد و محبت بسيار بود و شيخ محمد به خدمت او به مقابلهء بعض كتب احاديث پرداخت و افاده‌اش زياده از استفاده بود ، و كتاب رجال كبير او را تهذيب و تبويب فرمود و با حسن ترتيب مرتب ساخت و آن را به خط خود نوشت و به‌سوى بلاد خود مراجعت نمود . مدتى اقامت فرمود و بعد از آن به‌سبب خوف و اضرار كسانى كه از راه حسد و عداوت به او كردند به‌سوى عراق سفر كرد و مدتى طولانى به كربلاى معلى اقامت كرد و جماعتى از عرب و عجم به خدمت او چندين علوم خصوصا فقه و اصول را قرائت نمودند ، و با وصف تدريس مشغول به تصنيف بود و كتابهائى كه ذكرش مىآيد در آنجا تصنيف فرمود سواى آنچه در بلاد خود تصنيف كرده بود . در كربلاى معلى روزى بالاى بام مشغول نماز بود . ناگاه شخصى تيرى به‌سوى او انداخت و آن تير از محاذى سينهء او گذشت و حق تعالى او را از آن نگاه داشت . پس به‌سوى مكه سفر كرده در آنجا مدتى قيام نمود . بعد از آن به‌سوى عراق مراجعت نموده مدتى اقامت ورزيد . پس بار ديگر به‌سوى مكه رفته در آنجا ماند تا آنكه حق تعالى دار جاودانى را براى او اختيار فرمود . و در زمانى كه در بلاد خود بود گاهى به‌سوى دمشق مىرفت و مدتى مقيم آنجا مىشد و با فضلاى عامه ملاقات و مصاحبت نيكو مىداشت ، و قرائت چندين علوم پيش ايشان نمود و شيعيان در آنجا به‌سوى او آمد و رفت مىداشتند . شيخ على مزبور بسيارى از كرامات والد خود را در اينجا ذكر كرده و گفته كه من در آخر شرح استبصار كه از تصانيف شيخ محمد مزبور نزد من موجود است به خط شيخ حسين بن حسن بن حسين عاملى مشغرى كه مصاحب و تلميذ او بود ديده‌ام چنين نوشته است كه مؤلف اين كتاب ، شيخ سعيد حميد ، بقية العلماء الماضيين و خلف الكملاء الراسخين ، شيخ من و مولاى من و استاد من در علوم شرعيه از حديث و فقه و رجال و غيرها شيخ محمد بن حسن بن شهيد ثانى در روز دوشنبه به تاريخ دهم شهر ذيقعدهء سنهء يك‌هزار و سى ( 1030 ) هجرى از دار فانى به عالم سرور جاودانى رحلت نمود و من قبل از وفات او به ايام قليل بالمشافهه از او شنيدم كه مىفرمود كه : انى انتقل فى هذه الايام . و همچنين ديگران هم از او شنيدند . و اين سانحه در مكهء معظمه واقع شد و او را در آن بلدهء مشرفه در محلى قريب مزار فايض الانوار حضرت خديجة الكبرى - رضى الله عنها - دفن كرديم . انتهى محصل كلام الشيخ حسين المشغرى . و ايضا شيخ على مزبور آورده كه زوجهء شيخ محمد مذكور ، دختر سيد محمد بن ابى الحسن - ره - [ بوده ] . و هم كنيز او به من خبر داد كه چون شيخ مزبور وفات يافت ما نزد او در طول آن شب صداى تلاوت قرآن مىشنيديم .